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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已提示出大范围的生物制品吸附性，包含抗恶性肿瘤和抗病力毒用处。一般是，三萜是根据甲羟戊酸方法合出的，并从纯天然蕨类植物和真菌孢子中领取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表过了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的研发医学论文。该研发发现三萜类化学物质野生灵芝粉酸（GA）是进行夜体提升的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物能力转为所生成的。据转录组和膳食纤维质组学能力进几步找寻无柄虫草粉菌丝体中DHT所生成五种虫草粉酸（GA）的新机制，并据多个学能力加测到的之间的关系人类基因和之间的关系膳食纤维，得出DHT 菌物能力合出 GA 的有效途径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和工作进行分类

确认对无柄灵芝粉细菌菌丝体来进行转录组测序共到67230个转录本和1429八个单dna。在以上单dna中，49俩个被判定为性别差异传达dna（DEGs），里面的213个传达上浮，279个传达降低（图1A）。GO聚集研究后，DEGs划分为生物工程时候（BP）、癌细胞核的成分（CC）和分子结构设计能力（MF）3类。在BP品目中，发现了前4个子品目：消炎药降解分解排泄时候，冰醋酸盐分解排泄时候和甲酸盐分解排泄时候;而在CC品目中，癌细胞核外区、突触挽回体、突触结构设计是前4个亚类。这对MF品目，甲酸脱氢酶（NAD）特异性、钝化抹除酶特异性和酸氨（或酰胺）进行连接酶特异性是前4个亚品目（图1B）。在DEGs的KEGG通道研究中，前30条聚集度很高的通道有27条归属分解排泄，里面的甲烷气体分解排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐分解排泄、丙酸盐分解排泄手机信号通道明显聚集（图1D）。

图1|转录成分析和系统分类管理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

实现对无柄虫草病菌菌丝体做出蛋清质组学研究讲解，共计设定了16,457种现代感肽、2606种蛋清质和2588种降钙素原检测蛋清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的淘汰情况下，在这些2606种蛋清质中，94种被判定为差距体现蛋清（DEPs），之中52种调整，42种降低（图2A），图2C表明了差距体现蛋清的聚类算法研究讲解热图。从GO研究讲解看到，BP行业类别表明，大部分数DEPs进入醋酸钠盐細胞做出分解的时候、抗菌素葡萄糖钝化細胞做出分解的时候和抗癫痫药物葡萄糖钝化細胞做出分解的时候。CC类DEPs在細胞外区、过钝化物酶体和微体中占占比更高，钝化恢复备份酶化学活化和甲酸脱氢酶（NAD）化学活化在MF类中DEPs的占比更高（图2B）。与转录组可是类似的，KEGG环路研究讲解表明，大多数DEPs在細胞做出分解中含有，之中3条最含有的路径是光合生态学中的碳固定不动、碳細胞做出分解和MAPK手机信号环路（图2D）。前者，实现研究讲解GO统计资料库的CC对DEPs做出亚細胞市场定位研究讲解和标注（图2E），DEPs重要占比在細胞质（40.66%）、細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），学说上是GAs生态学组成的重要定位。

图2|球脂肪酸组的按量研究分析和能力认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物导出和对应组获选DEGs和DEPs加工了维恩图，有20个对比体现染色体（图3A）。对转录组和核核苷酸组中E组和C组一共的DEGs/DEPs开始聚类算法概述，发掘mRNA和核核苷酸当中有11个上涨染色体和1个降低染色体，DEGs与此翻译专业的DEPs体现标准呈正有关，立于Pearson的有关数值概述，在转录组和核核苷酸组当中测量到相对比较较高的有关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检验但是展示，E组和C组15个DEGs的表答标准对比强势，这里面9个为上浮DEGs，二个为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表答发展趋势与转录混合物析但是完全一致。

图3|血清质组的参考值讲解和特点核实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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